Dalším krokem byly varhany. Diecézní organolog Štěpán Svoboda z pražského arcibiskupství vybral k opravám právě ty ve starokolínském kostele.
„Jedná se totiž o významné dílo kutnohorského varhanáře Jana Tučka a po zvukové, konstrukční i technické stránce jsou to jeho nejlepší varhany, které se zachovaly. Objednavatelem varhan byl tehdejší majitel kolínského panství, kam Starý Kolín farností patřil, kníže a dědičný bavorský princ Filip Arnošt z Hohenlohe-Schillingfürstu,“ informovala Marie Smutná ze Starokolínského okrašlovacího spolku, který o opravu kostela usiluje, spolu s historičkou Miroslavou Jouzovou.
Současné opravy provedl varhanář Václav Vála z Prahy, který udělal také kompletní dokumentaci nástroje a nahrál zvuky jednotlivých kláves, čímž byla vytvořena takzvaná zvuková konzerva. Následně kolínská farnost požádala ministerstvo kultury o dotaci na pokračování oprav v letošním roce.