Nejmenší československá námořní loď byla původně určena pro plavby po Černém a Středozemním moři a součástí československé námořní flotily se stala v roce 1960. Měla ztížené manévrování, což mohlo přispět k její pozdější katastrofě. Dalšími příčinami bylo zřejmě špatné počasí a chybná navigace.

Po zařazení do flotily její využití postupně rostlo. Loď, určená k přepravě kusového materiálu, začala na úsvitu své krátké kariéry vozit dříví z Polska do Británie, později pak vyrazila i na zaoceánské plavby. Kolem afrických břehů doplula do Indie a v roce 1969 byla vyslána na Kubu pro náklad železné rudy (konkrétně manganu a kobaltu). Kromě toho naložila v kubánském přístavu i doutníky, rum a žíněné matrace. Když 6. srpna večer narazila při zpáteční cestě do Štětína na útes, byla už kolem tma.

„Kapitán dal signál k opuštění lodi, a tak celá posádka byla v záchranných vestách. Kdo neměl službu, stál nahoře u komína připraven nasednout do záchranných člunů. Všichni věděli, že je zle,“ vzpomínal v knize Vladimíra Podleny Atlas lodí na osudnou noc strojní důstojník.

Loď „seděla“ na útesu, ale zatím se nepotápěla. Posádka proto nezačala hned nastupovat do záchranných člunů, byť musela připravit jejich spuštění. Po půlnoci však praskla jedna z olejových nádrží a vzniklou štěrbinou začala do lodi proudit voda. Protože olejová nádrž byla propojena se strojovnou, brzy se voda dostala i tam. Námořníci spustili čerpadla a také se pokusili znovu nahodit hlavní motor, který se při nárazu zastavil.

„Náhlé zastavení rozehřátému motoru škodí. Proto jsme s ním chtěli hned po havárii začít otáčet, abychom jej zachránili. Ale páry z rozstříkaného paliva při pokusu roztočit motor vybuchly a urazily kus komína. Právě v blízkosti námořníků, co stáli nastoupeni u záchranných člunů. Asi jim to v tu chvíli nálady nepřidalo. Brzy jsme poznali, že ten první náraz nebyl zdaleka to nejhorší, co loď potkalo,“ vzpomínal strojní důstojník.

Loď totiž uvázla v místě průlivové oblasti mezi oceánem a krytou zónou, která je za souostrovím. V důsledku toho s ní neustále zmítala dlouhá oceánská vlna, která ji znovu a znovu zvedala a posazovala na útes, takže v lodi přibývaly další a další praskliny. „Po velmi nejisté a dramatické noci přišlo konečně ráno a my se mohli podívat, kde je pevnina a na čem vlastně loď sedí. To už přijela i pobřežní americká stráž, která nám pomohla s ohledáním škody. Na ostrově Mayaguana byla za druhé světové války vojenská letecká základna, a tak tam naštěstí zbyla ranvej, na níž se udržuje provoz. Hned prvním letadýlkem přiletěl na loď agent pojišťovny a začalo s ním i se záchranáři dlouhé vyjednávání.“

Šlo o to, zda se dá loď nebo alespoň její náklad zachránit, nebo zda je potřeba oboje odepsat. Loď sama se nedala nijak opravit a jako nerealizovatelné se ukázalo i její odtažení do přístavu, které původně navrhovaly odborné firmy, jež se podílely na záchranných pracích. Nakonec proto padlo rozhodnutí posádku letecky evakuovat, náklad přeložit na jiné lodě a Pionýr ponechat jeho osudu. Při překládání nákladu však s lodí nadále házely vlny, takže ani tento úkol se nepodařilo splnit úplně. Dne 13. září byla z lodní žerdě konečně stažena československá vlajka a zbylá část posádky, která zůstávala na palubě (kapitán, telegrafista, několik námořníků a strojní důstojník), se na motorovém člunu přepravila k letadlům, jež ji odvezla na pevninu.

Opuštěný vrak Pionýru zůstal na útesu, dokud ho příboj a v dané oblasti časté hurikány nerozlomily na dvě části. Pak se potopil, a stal se tak první lodí československé námořní plavby, která skončila na dně oceánu.

Koncem roku 2015 nalezla vrak skupina českých technických potápěčů, historiků a dokumentaristů, sdružených v rámci organizace Czech Diving Team. Expedici zorganizoval technik a amatérský námořní badatel Boris Gol ve spolupráci s potápěčem Zdeňkem Partynglem.

„Na místě ztroskotání se dochovala pouze část strojovny a lodního trupu, na kterém leží dva mohutné bloky motorů, reduktor, zbytky elektromotorů a část hřídele lodního šroubu. Z mohutné přední části lodi zbyl jen naviják kotevních řetězů a dvě obrovské kotvy. Nástavby, boky lodi a veškeré kovové části jsou rozmetány na velké ploše korálových útesů a netvoří žádný celek. K identifikaci vraku pomohl nález stojanu gyrokompasu. Měli jsme k dispozici fotografii kapitánského můstku a po konzultaci s jedním z členů posádky jsme si byli jisti, že pochází z Pionýru,“ uvedli po návratu na stránkách Czech Diving Teamu členové expedice.

Expedice trvala od 24. listopadu do 6. prosince 2015, zúčastnil se jí mimo jiné i televizní dokumentarista Petr Jančárek, který osud vraku podrobně zmapoval. Přitom vyzpovídal i některé žijící pamětníky ztroskotání z kubánského ostrova Mayaguana, jež si na Čechoslováky dobře pamatovali.

„Po dlouhých 46 letech jsme byli první Češi, kteří bahamský ostrov Mayaguana opět navštívili a první čeští potápěči, kteří se na vraku naší obchodní lodi potápěli. Věříme, že touto expedicí jsme přispěli k oživení vzpomínek na Československou námořní plavbu a osud její nejmenší námořní lodi M/S Pionýr,“ uvedli členové expedice.