Jan Pavlík je odchovancem brněnského basketbalu. Od sezony 2004/2005 působil necelé tři roky v maďarském Atomeromu SE Paks, s nímž získal dva mistrovské tituly. V březnu 2007 přestoupil do Prostějova, kde hrál také v minulé sezoně. V posledním ročníku Mattoni NBL odehrál celkem 28 zápasů, v nichž nastřílel 228 bodů. Sezona pro Jana Pavlíka vinou zranění skončila už v únoru, nezasáhl tak ani do bojů v play-off.

Před odchodem do zahraničí v době svého působení v Brně v sezoně 2003/04 zaznamenal průměrně 15,7 bodů, 4,8 asistencí a 3,2 doskoků na zápas. Výborné statistiky měl i o sezonu dříve v dresu BVV Brno, kdy dosáhl průměru 16,7 bodů, 5,8 asistenci a 3,1 doskoků.