Do Sparty odešel ze Stochova na Kladensku jako mladší dorostenec ve 14 letech a opustil ji pouze na jaře 1999, kdy hostoval ve Slovanu Liberec. V únoru 2003 ho Sparta pustila na zahraniční angažmá do ruského FK Rubin Kazaň. Po dvou letech se vrátil do Česka, do druholigového Mostu, kterému pomohl k postupu do 1. ligy. Hrál ještě za Blšany, slovenský Ružomberok a Duklu Praha ve druhé lize.

V nejvyšší československé a české fotbalové lize odehrál 405 zápasů, více jich má jen sedm hráčů. ve Spartě zapsal do statistik prvoligových zápasů číslici 366 zápasů, nastřílel jako stoper slušných 31 branek. Vidět byl i v evropských pohárech, které Sparta během jeho kariéry hrála se železnou pravidelností. Celkem má za Spartu v pohárech 83 zápasů (5 gólů) a to včetně její jízdy v prvním ročníku Ligy mistrů, kdy vyřadila Olympique Marseille (později o něj neúspěšně stál) a porazila Barcelonu. pohárové starty si zapsal také v Liberci, bylo jich devět.

Jiří Novotný zakotvil po po profesionální kariéře ve středních Čechách. Ve Vestci vybudoval skvělou mládežnickou adademii, stále tam ještě hájí barvy mužského A týmu. Hrál rovněž ve hvězdně sestaveném mužstvu Všenor, ale také v Jílovém.

Všenory - Tuchlovice 1:2 (Tuchlovice ve žlutém)Zdroj: Miroslava Minářová

Všenory - Tuchlovice 1:2 (Tuchlovice ve žlutém)Zdroj: Miroslava Minářová

V dresu Všenor (modrém) si Jiří Novotný zahrál několikrát i proti téměř mateřským Tuchlovicím. Tady s Vasilem Jalaghoniou (foto nahoře). Foto: Miroslava Hejduková