Provoz na většině tratí v ČR je zajištěn. Omezení se týká především regionálních tratí nebo tratí v bezprostřední blízkosti Vltavy a Labe. V současnosti je to asi 8 tratí. V Praze, Ústí nad Labem a Děčíně zajišťují vlaky Českých drah také pomoc MHD a zajišťují dopravu mezi oběma břehy Labe.

Zcela uzavřeny jsou úseky tratí:

Trať 012 Kouřim – Pečky;

Trať 086 Křižany – Rynoltice;

Trať 040 Smidary – Nový Bydžov a Kunčice nad Labem – Pilníkov;

Trať 062 Křinec – Městec Králové;

Trať 190 Protivín – Ražice;

Trať 135 Moldava v Krušných horách – Most;

Trať 210 Praha – Jílové u Prahy;

Trať 061 Rožďalovice – Veleliby.

Pokud je to možné, je zajištěna náhradní doprava autobusy.

Omezen je provoz na vybraných zastávkách, kde došlo k zatopení přístupu, např. Praha – Velká Chuchle nebo Úholičky ve vltavském kaňonu mezi Prahou a Kralupy nad Vltavou.

Nadále je zajištěn provoz na tratích Beroun – Praha nebo Ústí nad Labem – Kralupy nad Vltavou – Praha, kde však může docházet ke zdržení nebo odklánění vlaků z důvodu výpadku napájení nebo zabezpečovacího zařízení, v některých úsecích je také snížena rychlost vlaků. Cestujícím proto doporučujeme počítat s případným zdržením z důvodů povodně.

V současnosti není omezen provoz na hlavní trati z Prahy do Kolína.